Topfenkuchen lässt sich einfrieren, verliert dabei aber etwas an Cremigkeit. Die Masse kann nach dem Auftauen leicht „grisselig“ werden. Wer ihn einfrieren möchte, sollte den Kuchen vollständig abkühlen lassen, ihn gut in Frischhaltefolie oder Alufolie einwickeln und innerhalb von 4–6 Wochen wieder auftauen. Besser ist es, kleinere Portionen einzufrieren, z. B. einzelne Stücke, die dann schneller auftauen und weniger an Textur verlieren.