Die meisten Kekse lassen sich gut einfrieren. Hierfür legt man die Kekse zunächst einzeln auf ein Backblech, friert sie kurz vor, und füllt sie dann in einen luftdichten Gefrierbehälter oder Gefrierbeutel. Oder lagenweise einfrieren und die Schichten mit Backpapier trennen, so kleben die Kekse nicht zusammen und behalten ihre Form und Textur. Gefrorene Kekse können so mehrere Monate haltbar gemacht werden.