Topfenkuchen sollte 2–3 Tage im Kühlschrank aufbewahrt werden. Am besten mit einer Tortenhaube, Frischhaltefolie oder in einer geschlossenen Box, damit er keine fremden Gerüche annimmt. Vor dem Anschneiden etwas Raumtemperatur geben, damit die Füllung wieder cremig wird.